A könyvtár értékes különgyűjteménye a Musicotheca, amely kéziratos és nyomtatott muzeális kottákat tartalmaz. Ennek az állományrésznek a feldolgozása során került elő egy érdekes pannonhalmi vonatkozású mű.

A Pannonhalmi Főapátsági Könyvtár Musicotheca gyűjteményében, 17-20. századi kéziratos és nyomtatott kottákat őriznek.

A muzeális anyagból néhány felkeltette a Haydneum-Magyar Régizene Központ Alapítvány érdeklődését, ezért 2025-ben együttműködési megállapodást kötöttek a pannonhalmi könyvtár fenntartójával, a Pannonhalmi Főapátsággal ezek felhasználásáról.

2013-ban a könyvtár vett részt  a Musicotheca gyűjteményhez tartozó Kalmár László (1931-1995) zeneszerző hagyatékának feldolgozására irányuló projektben .

2014-ig a Musicotheca gyűjtemény a könyvtártól, levéltártól és múzeumtól különálló, önálló gyűjteményként működött, egy-egy bencés irányítása alatt. Az esetleges kutatói és egyéb kéréseket a könyvtár válaszolta meg.

2013-ban merült föl, hogy a Musicotheca gyűjtemény kerüljön a Pannonhalmi Főapátsági Könyvtár kezelésébe.

A pannonhalmi főapátság középkori könyvtára és kéziratos zenei anyaga a török háborúk idején megsemmisült.

Az újjáéledéskor, 1638-tól kezdődően, Pálffy Mátyás főapátsága idején a liturgikus gyűjtemény már a tridenti zsinat szellemiségét tükröző nyomtatott kottákkal gyarapodott.

Az Éden-Édenkert vagy Paradicsom-Paradicsomkert annak a vidéknek a neve, ahol a Biblia szerint Ádám és Éva lakott a bűnbeesés előtt. Tágabb értelemben az emberiség elképzelt, ősi aranykorát is jelenti, illetve a mennyországot is.

Szomorú tény a szakmai köztudatban, hogy Mohács (1526) után a régióban a középkori könyvtermés 98-99 %-a megsemmisült.

A pannonhalmi gyűjtemény egyik különlegessége egy  1862-ben, Bécsben kiadott melkita misekönyv (missale). A nagy szegénységben és üldözöttségben élő melkitákat az Osztrák Magyar Monarchia felkarolta, azzal is segítette, hogy kiadott számukra egy katekizmust. 1862-ben pedig a magyar püspöki kar Scitovszky  János prímással az élen misekönyvet nyomtatott számukra, meghagyva, hogy papjaik között ingyen osszák szét azokat. A kiadáshoz Rimely Mihály főapát is hozzájárult. A gyűjteményünkben őrzött példányt ő kapta tiszteletpéldányként.

Könyvtárunk gyűjteményében őrizzük a szír nyelvű Újszövetség második, nyomtatott kiadásának egy példányát, mely 1562-ben, Bécsben jelent meg. (Első kiadás: Bécs, 1555) A szír Biblia történetének kiemelkedően fontos állomása az 1555-ös első kiadása. A görög és a héber Biblia kinyomtatása egy-két évtizeddel a latin után elkezdődött el. 1512 és 1514 között három egymást követő évben látott napvilágot az első örmény, etióp és arab könyv. Mindössze száz esztendővel Gutenberg Vulgata-kiadásának megjelenése után pedig a szír Újszövetség is sajtó alá került.

A négy evangélium első arab nyelvű kiadása a Medici-nyomdában (Typographia Medicea), 1590-ben, Rómában jelent meg. A ritka, kevés példányban fennmaradt mű a latin címen és a kolofonon kívül végig arab nyelvű. A kiadás célja a muszlimok megtérítése volt. A tipográfia a Párizsban született Robert Granjon (kb. 1513-1590) nyomdász és betűtervező-metsző munkája. Ő alkotta meg a különböző keleti nyelvek – örmény, szír, cirill és arab – írásjeleit.